Recherche de gènes et régions codantes





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11
Bootstrapped sequences algorithm, version 3.55c
Settings for this run:

D Sequence, Morph, Rest., Gene Freqs? Molecular sequences

J Bootstrap, Jackknife, or Permute? Bootstrap

R How many replicates? 100

I Input sequences interleaved? Yes

0 Terminal type (IBM PC, VT52, ANSI)? ANSI

1 Print out the data at start of run No

2 Print indications of progress of run Yes
Are these settings correct? (type Y or the letter for one to change)

Are these settings correct? (type Y or the letter for one to change)

R

Number of replicates?

10
..
completed replicate number 1

completed replicate number 2

completed replicate number 3

completed replicate number 4

completed replicate number 5
Output written to output file

lovelace$ mv outfile infile
lovelace$ protdist

Protein distance algorithm, version 3.55c
Settings for this run:

P Use PAM, Kimura or categories model? Dayhoff PAM matrix

M Analyze multiple data sets? No

I Input sequences interleaved? Yes

0 Terminal type (IBM PC, VT52, ANSI)? ANSI

1 Print out the data at start of run No

2 Print indications of progress of run Yes
Are these settings correct? (type Y or the letter for one to change)

M

How many data

10

Y
Computing distances:

ECFMT_2

HI32745_2 .

TTDEFFMT_3 ..

MG39721_2 ...

SSCPNC ....
Output written to output file
Data set # 2:
Computing distances:

ECFMT_2

HI32745_2 .

TTDEFFMT_3 ..

MG39721_2 ...

SSCPNC ....
Output written to output file
Data set # 3:
Computing distances:

ECFMT_2

...

Data set # 5:
Computing distances:

ECFMT_2

HI32745_2 .

TTDEFFMT_3 ..

MG39721_2 ...

SSCPNC ....
Output written to output file
lovelace$ mv outfile infile

lovelace$ neighbor
Neighbor-Joining/UPGMA method version 3.5
Settings for this run:

N Neighbor-joining or UPGMA tree? Neighbor-joining

O Outgroup root? No, use as outgroup species 1

L Lower-triangular data matrix? No

R Upper-triangular data matrix? No

S Subreplicates? No

J Randomize input order of species? No. Use input order

M Analyze multiple data sets? No

0 Terminal type (IBM PC, VT52, ANSI)? ANSI

1 Print out the data at start of run No

2 Print indications of progress of run Yes

3 Print out tree Yes

4 Write out trees onto tree file? Yes
Are these settings correct? (type Y or the letter for one to change)

M

How many data sets?

10

...
Output written on output file
Tree written on tree file

Data set # 10:
CYCLE 2: OTU 1 ( 0.15957) JOINS OTU 2 ( 0.31701)

CYCLE 1: NODE 1 ( 0.29776) JOINS OTU 3 ( 0.57794)

LAST CYCLE:

NODE 1 ( 0.11937) JOINS OTU 4 ( 1.38576) JOINS OTU 5 ( 0.68429)
Output written on output file
Tree written on tree file
lovelace$ mv treefile infile

lovelace$ consense

Majority-rule and strict consensus tree program, version 3.55c
Settings for this run:

O Outgroup root? No, use as outgroup species 1

R Trees to be treated as Rooted? No

0 Terminal type (IBM PC, VT52, ANSI)? ANSI

1 Print out the sets of species Yes

2 Print indications of progress of run Yes

3 Print out tree Yes

4 Write out trees onto tree file? Yes
Are these settings correct? (type Y or the letter for one to change)

Y
Output written to output file
Tree also written onto file
lovelace$ more outfile
Majority-rule and strict consensus tree program, version 3.55c
Species in order:
HI32745 2

TTDEFFMT 3

MG39721 2

SSCPNC

ECFMT 2
Sets included in the consensus tree
Set (species in order) How many times out of 10.00
.***. 10.00

..**. 8.00
Sets NOT included in consensus tree:
Set (species in order) How many times out of 10.00
.**.. 2.00

CONSENSUS TREE:

the numbers at the forks indicate the number

of times the group consisting of the species

which are to the right of that fork occurred

among the trees, out of 10.00 trees
+---------TTDEFFMT 3

+-10.0

! ! +----SSCPNC

+--9.0 +--8.0

! ! +----MG39721 2

! !

! +--------------ECFMT 2

!

+-------------------HI32745 2

remember: this is an unrooted tree!

lovelace$ more treefile

(((TTDEFFMT_3:10.0,(SSCPNC:10.0,MG39721_2:10.0):8.0):10.0,ECFMT_2:10.0):9.0,

HI32745_2:10.0);

lovelace$


Des serveurs bien utiles

Avant la fin de ce cours, il est important de vous donner quelques liens vers des serveurs vous permettant de devenir encore plus autonome pour analyser vos séquences. Ces serveurs vous permettent de retrouver la plupart des outils décrits dans ce cours, vous proposeront des moteurs de recherche si vous souhaitez des compléments d’informations, ainsi que des liens vers d’autres serveurs proposant des services utiles en analyses de séquences.
Serveur proposé par Infobiogen : http://www.infobiogen.fr et en particulier le déambulum.

Serveur de l’Institut Pasteur : http://www.pasteur.fr.
Cette liste sera éventuellement complétée ultérieurement.
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