Recherche de gènes et régions codantes





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La base de facteurs de transcription TFD



 TFD est une base dédiée aux facteurs de transcription eucaryotes. Une partie des données a été extraite de GenBank et une autre partie provient de synthèses bibliographiques réalisées à partir de publications traitant de différents aspects de la transcription. La base est organisée en plusieurs fichiers permettant de regrouper différentes classes d'information que l'on connaît au niveau de la transcription. Ainsi la base renferme non seulement des données nucléiques mais aussi des informations sur les séquences protéiques directement impliquées dans la transcription comme les domaines protéiques interagissant avec l'ADN ou les cofacteurs de transcription. L'information la plus importante est bien sûr la liste des sites ou motifs nucléiques (Fig3). Un effort particulier a été réalisé pour spécifier à partir de quel promoteur ou de quel gène sont issus ces sites et pour établir s'il s'agit d'une séquence consensus ou d'une séquence actuellement unique, et pour donner la localisation relative du site d'initiation de la transcription (Ghosh et al., 1990 et Ghosh, 1993).
Figure 3


Pour en savoir plus sur la banque IMD

La base de motifs IMD (Information Matrix Database)

 
 Cette base est construite à partir de sites de facteurs de transcription trouvés dans les bases TFD (Ghosh, 1993) et TRANSFAC (Knüppel et al., 1994) ou à partir de données issues directement de publications. Durant la construction de cette base, les auteurs (Chen et al., 1995) ont pris un soin particulier pour identifier les multiples représentations d'un même site de fixation protéique et pour regrouper tous les motifs correspondant au même facteur de transcription. Lorsque pour un site, un nombre suffisant de représentants est connu, les motifs sont utilisés pour établir une matrice de fréquences ou de pondération (weight matrix) qui donne la chance d'apparition pour chaque nucléotide de se trouver à une position déterminée. Cette base contient actuellement 532 matrices regroupant sept classes d'organismes différents auxquelles sont associées les références bibliographiques correspondantes. Un exemple de l'information contenue dans cette base est donnée dans la Figure 4.
Figure 4


 

Les bases de motifs protéiques

Il existe principalement deux types de bases de motifs qui permettent de recenser des signatures protéiques liées à des activités biologiques. Celles qui regroupent des motifs consensus et celles qui donnent des régions actives sous forme d'alignements multiples. Nous présenterons ici deux bases couramment utilisées qui reflètent ces deux aspects.

La base de motifs protéiques PROSITE

La base PROSITE peut être considérée comme un dictionnaire qui recense des motifs protéiques ayant une signification biologique. Elle est établie en regroupant, quand cela est possible, les protéines contenues dans Swissprot par famille comme par exemple les kinases ou les protéases. On recherche ensuite, au sein de ces groupes, des motifs consensus susceptibles de les caractériser spécifiquement. La conception de la base repose sur quatre critères essentiels : 1) collecter le plus possible de motifs significatifs, 2) avoir des motifs hautement spécifiques pour caractériser au mieux une famille de protéines, 3) donner une documentation complète sur chacun des motifs répertoriés, et 4) faire une révision périodique des motifs pour s'assurer de leur validité par rapport aux dernières expérimentations. L'essentiel de l'expertise est basé sur un réseau de correspondants spécialistes des sujets traités. La base est organisée en deux parties. La première contient l'identification et la description de chaque motif. La deuxième contient l'information qui documente chaque motif (Bairoch, 1993 ; Bairoch et Bucher, 1994). Pour avoir un exemple de ces deux formes d'information voire le chapitre formats liés aux banques


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