Recherche année 2009/2010 Titre du stage





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Compétences et motivations du candidat: Le candidat devra avoir un minimum de compétences en écologie des populations ou en écologie du paysage, et en mathématiques. Il devra être intéressé par la modélisation et la théorie utilisant méthodes mathématiques et numériques pour la compréhension des processus écologiques, ainsi que par l’analyse des données d’herbivores. Enfin, sur le plan matériel, l’étudiant bénéficiera a priori de la gratification de stage prévue par la loi (379 euros/mois).
Pour les stages de M2 UNIQUEMENT (effacez les phrases inutiles)

  • Ce stage est destiné aux étudiants EBE inscrits dans un parcours Recherche

    • Ce stage peut se poursuivre par une thèse (ce sujet pourrait bénéficier d’un financement partiel de l’INRA ; par ailleurs, il s’insère pleinement dans un projet ANR piloté par V. Bretagnolle sur la modélisation des paysages et ses conséquences pour la Biodiversité, dans lequel 3 à 6 thèses seront progressivement mises en place)


Spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution

Proposition de stage de M2 RECHERCHE

Année 2009/2010

Titre du stage : Recherche de stratégies locomotrices optimales dans l’exploitation de ressources en agrégats : utilisation d’algorithmes génétiques
Laboratoire d’accueil :

UMR IBSV INRA 1301 & CNRS 6243

Equipe : Ecologie Comportementale et Moléculaire
Responsable du stage :

Nom : Eric Wajnberg

Tél : 04.92.38.64.47

Fax : 04.92.38.65.57

Email : wajnberg@sophia.inra.fr

Références dans le domaine :

van Alphen JJM, Bernstein C, Driessen G (2003). Information acquisition and time allocation in insect parasitoids. Trends in Ecology and Evolution 18, 81-87.

Wajnberg E (2006). Time-allocation strategies in insect parasitoids: from ultimate predictions to proximate behavioural mechanisms. Behavioral Ecology and Sociobiology 60, 589-611.

van Alphen JM & Bernstein C (2008). Information acquisition, information processing, and patch time allocation in insect parasitoids. In “Behavioural Ecology of Insect Parasitoids - From theoretical approaches to field applications”, Wajnberg E, C Bernstein & J van Alphen (eds.) Blackwell Publishing, 172-192.
Description du stage (1 page maximum)

Veuillez SVP indiquer les objectifs du stage et la méthodologie employée.

La majorité des espèces animales exploitent des ressources distribuées de manière agrégative dans l’environnement. C’est le cas notamment de beaucoup d’espèces d’insectes parasitoïdes qui attaquent des hôtes en agrégats (ou patches). Face à cette situation écologique particulière, il existe aujourd’hui une riche littérature qui décrit, en se fondant sur la théorie de l’optimal foraging, le temps optimal que devraient investir des animaux sur chacun des agrégats de ressources qu’ils exploitent afin de maximiser le nombre de descendants qu’ils produisent. Cependant, ces travaux n’explicitent pas la manière dont les animaux gèrent leurs décisions de déplacement locomoteur pour suivre les prédictions théoriques correspondantes.

Le sujet proposé à pour objet d’identifier ces stratégies de déplacement pour des animaux confrontés à différentes conditions environnementales (e.g., différentes distributions spatiales des hôtes pour des insectes parasitoïdes). Pour ce faire, des modèles stochastiques individus-centrés simulant le déplacement d’insectes parasitoïdes devront être développées. Par ailleurs, des techniques numériques (i.e., algorithmes génétiques) seront appliquées pour optimiser les paramètres définissant le déplacement des animaux. Les résultats attendus conduiront à une meilleure compréhension de l’écologie des insectes parasitoïdes et permettront, à terme, l’amélioration des programmes de lutte biologique contre les ravageurs de culture.

Le laboratoire d’accueil possède et maîtrise les outils de programmation qui devront être mis en œuvre pour ce projet. Le candidat devra déjà posséder des compétences en programmation (C, C++, etc.).

Veuillez effacez les phrases inutiles

    • Ce stage peut se poursuivre par une thèse (dans ce cas précisez : ce sujet sera déposé dans une école doctorale)


Spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution

Proposition de stage de M2 RECHERCHE

Année 2009/2010

Titre du stage :
Adaptation locale de plantes annuelles adventices aux habitats d’un paysage agricole.
Laboratoire d’accueil :
INRA, UMR1210 ‘Biologie et Gestion des Adventices’

17 Rue Sully, 21000 DIJON
Responsable du stage :

Nom : Valérie LE CORRE (CR1) / Coraline CAULLET (doctorante)

Tél : 03 80 69 30 38

Fax :

Email : lecorre@dijon.inra.fr
Références dans le domaine :
Hereford J (2009) A quantitative survey of local adaptation and fitness trade-offs. The American Naturalist 173, 579–588.

Kawecki TJ, Ebert D (2004) Conceptual issues in local adaptation. Ecology Letters 7, 1225-1241

Aksoy, A, Dixon JM, Hale WHG (1998) Capsella bursa-pastoris (L.) Medikus (Thlapsi bursa-pastoris L., Bursa bursa-pastoris (L.) Shull, Bursa pastoris (L.) Weber). J. Ecol. 86:171-186.
Description du stage (1 page maximum)
Les paysages agricoles sont composés d’une mosaïque d’habitats cultivés et non cultivés, qui diffèrent par de nombreux aspects, tels que la fréquence et le type de perturbations liées aux activités humaines, et la composition des communautés végétales présentes.

Certaines espèces de plantes adventices (dites « mauvaises herbes ») montrent une forte spécificité d’habitat, par exemple les messicoles inféodées aux cultures de céréales d’hiver. D’autres espèces, plus ubiquistes, occupent divers habitats au sein de la mosaïque. Chez ces espèces, la diversité des habitats est-elle associée à une importante variation intra-spécifique des traits de vie ? Cette variation traduit-elle une adaptation locale ?
Le genre Capsella (Brassicacea) comprend 2 espèces proches, C. rubella et C. bursa-pastoris. C. bursa-pastoris est une espèce tétraploïde, très fréquente dans les milieux anthropisés, et invasive à l’échelle mondiale. C. rubella est diploïde, et est présente uniquement dans la moitié sud de l’Europe.

Les observations sur le paysage agricole de la zone d’étude de Fénay, en Côte d’Or, montrent une différentiation des préférences d’habitats entre les deux espèces. En comparaison de C. rubella, C. bursa-pastoris est présente dans une plus large gamme d’habitats, y compris dans les habitats très perturbés. D’autre part, il existe une variation importante aussi bien inter-spécifique qu’intra-spécifique pour différents traits de vie (germination, croissance, précocité de floraison, architecture des hampes florales, etc).

Nous chercherons à savoir si les différences observées dans les préférences d’habitat sont liées à des différences dans la variation phénotypique ou à des différences dans la réponse des traits à l’environnement (plasticité phénotypique), et à identifier les traits impliqués.
Ce stage portera sur la mesure des traits de vie de plantes issues du site d’étude de Fénay. Ces plantes seront cultivées expérimentalement dans trois environnements représentant différents habitats du parcellaire agricole : terre nue, bordure herbacée, culture de colza.

Les objectifs de cette expérimentation sont :

- estimer la variabilité intra et inter spécifique des traits de vie,

- estimer la plasticité de ces traits en réponse à différents environnements,

- tester l’existence d’une adaptation locale à l’environnement.

En parallèle à cette approche expérimentale, il sera effectué un suivi des populations naturelles sur le paysage agricole de Fénay : localisation des populations, estimation de densité, et caractérisation écologique des habitats (flore associée, type de sols etc).


    • Ce stage ne se poursuivra pas par une thèse








Spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution

Proposition de stage de M2 RECHERCHE

Année 2009/2010

Titre du stage :

Etude des possibilités d'assainissement des sols cultivés par les lombriciens
Laboratoire d’accueil :

L'UMR d'Agronomie INRA-AgroParisTech de Grignon

Ce laboratoire a une thématique centrée sur les systèmes de culture. Il conduit déjà depuis plusieurs années des recherches sur l'effet de ces systèmes sur les populations lombriciennes. Ce nouveau programme est réalisé dans le cadre d'un appel d'offre du Conseil Scientifique d'AgroParisTech, il associe des agronomes de l'unité (M. Bertrand et J. Roger-Estrade) et des écologues (S. Barot et M. Blouin)
Responsable du stage :

Nom : Michel Bertrand, INRA

Tél : 01 30 81 59 62

Fax : 01 30 81 54 20

Email : bertrand@grignon.inra.fr
Co-encadrement :

Jean Roger-Estrade, AgroParisTech

Manuel Blouin, Paris XII

Sébastien Barot, IRD
Références dans le domaine :
Blouin, M., Y. Zuily-Fodil, A.-T. Pham-Thi, D. Laffray, G. Reversat, A. Pando, J. Tondoh, and P. Lavelle. 2005. Belowground organism activities affect plant aboveground phenotype, including plant tolerance to parasites. Ecol. Lett. 8:202-208.

Brown, G. G., C. A. Edwards, and L. Brussaard. 2004. How earthworms effect plant growth: burrowing into the mechanisms. Pages 441 in C. Edwards, editor. Earthworm ecology.

Scheu, S. 2003. Effects of earthworms on plant growth: patterns and perspectives. Pedobiologia 47:846-856.

Stephens P. M., C. W. Davoren 1996 Effect of the lumbricid earthworm Aporrectodea trapezoides on wheat grain yield in the field, in the presence or absence of Rhizoctonia solani and Gaeumannomyces graminis var. tritici Soil Biol. Biochem. 28:561-567
Description du stage (1 page maximum)
Contexte

Les communautés lombriciennes font l'objet d'un intérêt croissant en agronomie du fait des nombreux services écosystémiques qu’elles fournissent. Elles ont par exemple un rôle majeur dans l'évolution de la matière organique et dans le maintien de la porosité. A ces effets bien connus, il faut ajouter ceux, décrits dans des études plus récentes, qui font état d'effets positifs de la présence des vers de terre sur la croissance des plantes, mais dont les mécanismes sous-jacents n'ont pour l'instant pas été complètement éclaircis. En particulier, dans certains cas, les vers de terre semblent diminuer l’impact de pathogènes des plantes.

Les lombriciens modifient les communautés de microorganismes des sols, en termes de biomasse, d’activité et de diversité. Plus particulièrement, en ingérant du sol (vers endogés) ou des résidus de culture (vers anéciques), ils absorbent également des pathogènes, en particulier des champignons sous différentes formes. Le transit intestinal pourrait affecter la survie de ces pathogènes, et les vers de terre offriraient alors des possibilités d'assainissement des sols infestés. A cet effet direct s’ajoute un effet indirect, la digestion du sol favorise le développement de la flore microbienne dont certains représentants sont antagonistes des pathogènes telluriques. La combinaison de ces deux effets pourrait permettre une maîtrise partielle de la dynamique des agents pathogènes.

Quelques études anciennes ont comparé l'intensité des attaques de maladies telluriques sur le blé en présence ou non de vers de terre. On observe bien une diminution du taux d’attaque dans les traitements avec vers de terre, ce qui tend à accréditer notre hypothèse. Toutefois l'interprétation de ces résultats reste délicate du fait de l’existence nombreux mécanismes par lesquels les vers influencent la croissance des plantes (i. e. effet positif de la présence de vers de terre sur la plante compensant l'effet dépressif du pathogène).
L'objectif de ce stage est de tester l’existence de cet effet d’assainissement, d'explorer ces conditions d'expression et de préciser les mécanismes sous-jacents.
Contenu du stage

Le stage sera centré sur le suivi d'expérimentations comparant des traitements expérimentaux combinant présence ou absence de pathogène et de vers de terre. Deux pathogènes responsables de maladies du pied du blé, le piétin échaudage et le piétin verse seront utilisés, ainsi que deux espèces de vers de terre appartenant à des catégories écologiques différentes (anéciques et endogés). Dans une première phase les pathogènes et les vers de terre seront mis en présence en microcosme, dans des conditions standard de température et d'humidité. Au terme de cette phase, des semis de blé seront réalisés, et les plantes seront cultivées afin de permettre l'extériorisation de l'intensité de la maladie. L'ensemble des expérimentations seront conduites en conditions semi-contrôlées.

Veuillez effacez les phrases inutiles


    • Ce stage ne se poursuivra pas par une thèse



Conditions matérielles : Indemnité forfaitaire d'environ 600 €/mois. Possibilités de logement sur place (Thiverval-Grignon, 78)

Spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution

Proposition de stage de M2 RECHERCHE

Année 2009/2010

Titre du stage :

Flux géniques et structure génétique chez l’algue rouge haploïde-diploïde Chondrus crispus

Laboratoire d’accueil :

Biologie Evolutive et DIversité Marine (BEDIM), UMR CNRS UMPC 7144, Station Biologique de Roscoff

Responsable du stage :

Nom : Myriam Valero (co-encadrement avec Stacy Krueger, PhD student)

Tél : 02 98 29 23 20 (ou 02 98 29 23 28)

Email : : kruger@sb-roscoff.fr / valero@sb-roscoff.fr

Références dans le domaine :

Coelho S., Peters A.F., Charrier B., Roze D., Destombe C., Valero M. & Cock J.M. (2007). Complex life cycles of multicellular eukaryotes: new approaches based on the use of model organisms, Gene. 406, 152-170

Engel, C.R., R. Wattier, C. Destombe, and M. Valero. 1999. Performance of non-motile male gametes in the sea: analysis of paternity and fertilization success in a natural population of a red seaweed, Gracilaria gracilis. Proceedings of the Royal Society of London, Series B 266: 1879-1886

Engel, C., P. Ǻberg, O.E. Gaggiotti, C. Destombe, and M. Valero. 2001. Population dynamics and stage structure in a haploid-diploid red seaweed, Gracilaria gracilis. Journal of Ecology 89: 436-450.
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