Résumé La méthode dite «de Papadakis»





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date de publication12.10.2019
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Script de pilotage de CRECAR pour la création d’un fichier « sans trous » à partir du fichier fubackup en vue du rééchantillonnage (procédure trifu).
#!/bin/csh

if(-f erreur) rm erreur

if(-f sortie) rm sortie

if(-f trifu.out.001) rm trifu.out.*

(antar >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

(defcar >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

(crecar >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

mv sortie trifu.out.001

echo procedure trifu terminee

cat erreur

if(-f erreur) rm erreur

exit

echec:

echo procedure trifu echouee

cat erreur
Fichier paramètre trifu.don.001 (ANTAR)
fubackup #nom du fichier

n #option HORACE (o/n)

1 #numero du premier individu traite/enregistrement

0 #numero du dernier individu traite/enregistrement (0 : nombre maximum)

1 #parametre de saut pour passer d'un individu au suivant

0 #(0) quantitatif, (1) qualitatif avec transf., (2) qualitatif sans transf

fitre '-5' #donne l'en-tete du listing (pour identification)

-9 #donne le nombre de caracteres etudies

n #edition d'une table de correspondance numerique-alphanumerique (o/n)
Fichier paramètre trifu.don.002 (DEFCAR)

x1

x2

x3

x4

x5

x6

x7

x8

x9
Fichier paramètre trifu.don.003 (CRECAR)
n #Option rechantillonnage, JACKKNIFE ou BOOTSTRAP (o/n)

0 #elimination des enregistrements entierement a -5 ou -9 (0) ou maintien (1)

n #option VERSUP : suppression du controle des -5 & -9 (o/n)

0 #entrer le code approprie (0, 1, 2, 3, -1, -2, -3)

0 #nombre de contraintes sur les indicatifs

0 #nombre de contraintes sur les caracteres observes

fubacktri #nom du fichier de sortie
Annexe 6.
Script de pilotage de PAPA3 : séquence de rééchantillonnage (procédure violette)
#!/bin/csh

if(-f erreur) rm erreur

if(-f sortie) rm sortie

if(-f violette.out.001) rm violette.out.*

(antar >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

(defcar >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

(matcor >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

mv sortie violette.out.001

(regmul >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

mv sortie violette.out.002

(rives >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

mv sortie violette.out.003

(hiera >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

mv sortie violette.out.004

echo procedure violette terminee

cat erreur

if(-f erreur) rm erreur

exit

echec:

echo procedure violette echouee

cat erreur
Fichier paramètre violette.don.001 (ANTAR)
fubacktri #nom du fichier

n #option HORACE (o/n)

1 #numero du premier individu traite/enregistrement

0 #numero du dernier individu traite/enregistrement (0 : nombre maximum)

1 #parametre de saut pour passer d'un individu au suivant

0 #(0) quantitatif, (1) qualitatif avec transf., (2) qualitatif sans transf

reechantillonnage #donne l'en-tete du listing (pour identification)

-9 #donne le nombre de caracteres etudies

n #edition d'une table de correspondance numerique-alphanumerique (o/n)
Fichier paramètre violette.don.002 (DEFCAR)
x1

x2

x3

x4

x5

x6

x7

x8

x9
Fichier paramètre violette.don.003 (MATCOR)
o #Option reechantillonnage (JACKKNIFE ou BOOTSTRAP)

0 #Valeur de AMONT

0 #constante pour correction nbre d.l. d'erreur (donnees ajustees)

0 #entre le code correspondant a MATSUP (0, 1 ou 2)

0 #entre le code correspondant a DENDRO (0 ou 1)

0 #entre le code correspondant a EFFSUP (0 ou 1)

n #option trivar : matrices intra sur plusieurs populations (o/n)

n #chainage d'INDEX5 : index de selection massale (o/n)

o #chainage de REGMUL : regression multiple descendante (o/n)

0 #Valeur de REGPOND : regression multiple ponderee (0-3)

1 #contrainte 1 : position

-99999 #contrainte 1 : lim. inf.

99999 #contrainte 1 : lim. sup.

1 #contrainte 2 : position

-99999 #contrainte 2 : lim.inf.

99999 #contrainte 2 : lim.sup.

1 #contrainte 3 : position

-99999 #contrainte 3 : lim.inf.

99999 #contrainte 3 : lim.sup.

1 #contrainte 4 : position

-99999 #contrainte 4 : lim.inf.

99999 #contrainte 4 : lim.sup.
Fichier paramètre violette.don.004 (REGMUL)
0 #entre le code correspondant a VARSUP (0, 1 ou 2)

1 #option graphique (0) ou valeur ajustee (1)

n #option REGOR : regression passant par l'origine (o/n)

3 #nombre de variables expliquees

6 #nombre de variables explicatives au premier palier

6 #nombre de variables explicatives au dernier palier

1 #numero de la variable expliquee 1

2 #numero de la variable expliquee 2

3 #numero de la variable expliquee 3

4 #numero de la variable explicative 1

5 #numero de la variable explicative 2

6 #numero de la variable explicative 3

7 #numero de la variable explicative 4

8 #numero de la variable explicative 5

9 #numero de la variable explicative 6

n #changement de jeu de variables ,expliquees & explicatives (o/n)
Fichier paramètre violette.don.005 (RIVES)
0 #(0) = REGMUL, (1) = COVAR1, (2) = COVAR2

o #option varsup : suppression des covariables (o/n)

1 #maintien/suppression des caracteres <>covariables (0/1)

n #option REDIR : redirection du fichier de sortie sur le fichier d'entree (o/n)
Fichier paramètre violette.don.006 (HIERA)
1 #Valeur de SPU

o #Option reechantillonnage (JACKKNIFE ou BOOTSTRAP)

1 #Valeur de AMONT

0 #estimation avec composantes individuelles (0) ou sans (1)

6 #constante pour correction nombre d.l. d'erreur (donnees ajustees)

2 #nombre de niveaux de hierarchie

pere #nom du facteur population de niveau 1 (15 caract.max.)

mere #nom du facteur population de niveau 2 (15 caract.max.)

1 #donne le numero du premier niveau privilegie

2 #donne le numero du second niveau privilegie

1 #option MATSUP (0, 1 ou 2)

0 #option dendro (0 ou 1)

0 #option EFFSUP (0 ou 1)

1 #niveaux <> niveau individuel fixes (0) ou aleatoires (1)

n #chainage de CORAN (correlations de rangs), DUNCAN ou DAG :

n #chainage INDEX3 : index en plan hierarchique ou prov./desc.(o/n)

1 #etude de structure de population (0) ou plan de de croisements (1)

n #chainage de DISCRI : analyse discriminante (o/n)

.25 #coefficient de var.-covar. genetiques additives dans composantes de niveau 2

18 #limite sup. du code de population de niveau 1

0 #codage des populations de niveau 1 absolu (0) ou relatif (1)

5 #position du code de population de niveau 1/enregistrement

28 #limite sup. du code de population de niveau 2

0 #codage des populations de niveau 2 absolu (0) ou relatif (1)

4 #position du code de population de niveau 2/enregistrement

5 #contrainte 1 : position

1 #contrainte 1 : lim. inf.

18 #contrainte 1 : lim. sup.

4 #contrainte 2 : position

1 #contrainte 2 : lim. inf.

28 #contrainte 2 : lim. sup.

1 #contrainte 3 : position

-99999 #contrainte 3 : lim. inf.

99999 #contrainte 3 : lim. sup.

1 #contrainte 4 : position

-99999 #contrainte 4 : lim. inf.

99999 #contrainte 4 : lim. sup.

Ci-dessous sont donnés les enchaînements d’écrans corrrespondant au lancement de la procédure réitérée par le moteur de réitération JBSTAR.

Etape 1 : sélection du pas d’affichage des réitérations


Etape 2 : choix des « structures » réestimées par rééchantillonnage (matrices ou vecteur)

Etape 3 : choix du « type de sortie » (trois possibilités)


Etape 4 : choix du seuil de probilité des intervalles de confiance (sorties de types 2 ou 3)

Etape 5 : choix de création d’un fichier permettant, notamment, d’obtenir des intervalles de confiances sans hypothèse de normalité des distributions des estimations


Etape 6 : choix de la méthode de rééchantillonnage (Jackknife ou Bootstrap)


Etape 7 : choix de la valeur du « cache » (on a choisi le Jackknife : on indique donc le nombre d’individus à enlever par permutation circulaire à chaque réitération)


Etape 8 : Option sur la création d’un fichier dont l’usage est indiqué en commentaire


Etape 10 : Choix sur liste du code du premier programme de la chaîne réitérée


Etape 11 : Choix du code du dernier programme de la chaîne réitérée et du nombre de réitérations


Etape 12 : JBSTAR rend la main à l’utilisateur et lui donne toutes indications sur la façon de lancer la procédure réitérée ainsi que le nom du fichier où seront archivés les résultats.


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