Résumé La méthode dite «de Papadakis»





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date de publication12.10.2019
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Fichier paramètre iris.don.005 (FUSION)
0 #ecriture dans sortie (0)

mal4d #nom du fichier receveur

vois001 #nom du fichier donneur

n #option RANCAR : tri sur caracteres fichier receveur (o/n)

n #option TRICAR : tri sur caracteres fichier donneur (o/n)

2 #fusion sur identite de sequence, d'un ou de deux indicatifs (0, 1 ou 2)

12 #valeur maximum du premier indicatif de fusion

1 #numero du premier indicatif de fusion/enregistrement receveur

1 #numero du premier indicatif de fusion/enregistrement donneur

100 #valeur maximum du second indicatif de fusion

2 #numero du second indicatif de fusion/enregistrement receveur

2 #numero du second indicatif de fusion/enregistrement donneur

o #Nouveau fichier donneur a fusionner (o/n)

vois002 #Nom du nouveau fichier a fusionner (o/n)

o #Memes choix de caract. et critere de fusion (o/n)

o #Nouveau fichier donneur a fusionner (o/n)
vois003 #Nom du nouveau fichier a fusionner (o/n)

o #Memes choix de caract. et critere de fusion (o/n)

n #Nouveau fichier donneur a fusionner (o/n)
Fichier paramètre iris.don.006 (ANTAR)
mal4d #nom du fichier

n #option HORACE (o/n)

1 #numero du premier individu traite/enregistrement

0 #numero du dernier individu traite/enregistrement (0 : nombre maximum)

1 #parametre de saut pour passer d'un individu au suivant

0 #(0) quantitatif, (1) qualitatif avec transf., (2) qualitatif sans transf

essai PAPA1 #donne l'en-tete du listing (pour identification)

-12 #donne le nombre de caracteres etudies

n #edition d'une table de correspondance numerique-alphanumerique (o/n)
Fichier paramètre iris.don.007 (DEFCAR)
x1

x2

x3

x4

x5

x6

x7

x8

x9

x10

x11

x12
Fichier paramètre iris.don.008 (MATCOR)
n #Option reechantillonnage (JACKKNIFE ou BOOTSTRAP)

0 #constante pour correction nbre d.l. d'erreur (donnees ajustees)

1 #entre le code correspondant a MATSUP (0, 1 ou 2)

0 #entre le code correspondant a DENDRO (0 ou 1)

1 #entre le code correspondant a EFFSUP (0 ou 1)

n #option trivar : matrices intra sur plusieurs populations (o/n)

n #chainage d'INDEX5 : index de selection massale (o/n)

o #chainage de REGMUL : regression multiple descendante (o/n)

0 #Valeur de REGPOND : regression multiple ponderee (0-3)

1 #contrainte 1 : position

-99999 #contrainte 1 : lim. inf.

99999 #contrainte 1 : lim. sup.

1 #contrainte 2 : position

-99999 #contrainte 2 : lim.inf.

99999 #contrainte 2 : lim.sup.

1 #contrainte 3 : position

-99999 #contrainte 3 : lim.inf.

99999 #contrainte 3 : lim.sup.

1 #contrainte 4 : position

-99999 #contrainte 4 : lim.inf.

99999 #contrainte 4 : lim.sup.
Fichier paramètre iris.don.009 (REGMUL)
0 #entre le code correspondant a varsup (0, 1 ou 2)

1 #option graphique (0) ou valeur ajustee (1)

n #option REGOR : regression passant par l'origine (o/n)

3 #nombre de variables expliquees

9 #nombre de variables explicatives au premier palier

1 #nombre de variables explicatives au dernier palier

1 #numero de la variable expliquee 1

2 #numero de la variable expliquee 2

3 #numero de la variable expliquee 3

4 #numero de la variable explicative 1

5 #numero de la variable explicative 2

6 #numero de la variable explicative 3

7 #numero de la variable explicative 4

8 #numero de la variable explicative 5

9 #numero de la variable explicative 6

10 #numero de la variable explicative 7

11 #numero de la variable explicative 8

12 #numero de la variable explicative 9

n #changement de jeu de variables ,expliquees & explicatives (o/n)
Annexe 3.
Script de pilotage de PAPA2 (procédure lis)
#!/bin/csh

if(-f erreur) rm erreur

if(-f sortie) rm sortie

if(-f lis.out.001) rm lis.out.*

(antar >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

(defcar >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

(pinede >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

mv sortie lis.out.001

(crecar >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

mv sortie lis.out.002

(compex >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

mv sortie lis.out.003

(fusion >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

mv sortie lis.out.004

(antar >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

(defcar >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

(matcor >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

mv sortie lis.out.005

(regmul >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

mv sortie lis.out.006

(rives >/dev/null) >>&! erreur

if( $status != 0 ) goto echec

mv sortie lis.out.007

echo procedure lis terminee

cat erreur

if(-f erreur) rm erreur

exit

echec:

echo procedure lis echouee

cat erreur
Fichier paramètre lis.don.001 (ANTAR)
mal4d #nom du fichier

n #option HORACE (o/n)

1 #numero du premier individu traite/enregistrement

0 #numero du dernier individu traite/enregistrement (0 : nombre maximum)

1 #parametre de saut pour passer d'un individu au suivant

0 #(0) quantitatif, (1) qualitatif avec transf., (2) qualitatif sans transf

essai PAPA2 #donne l'en-tete du listing (pour identification)

-3 #donne le nombre de caracteres etudies

n #edition d'une table de correspondance numerique-alphanumerique (o/n)
Fichier paramètre lis.don.002 (DEFCAR)
x1

x2

x3
Fichier paramètre lis.don.003 (PINEDE)
1 #Valeur de SPU

o #Option reechantillonnage (JACKKNIFE, BOOTSTRAP, PAPADAKIS++)

2 #Valeur de AMONT

6 #nombre de covariables retenues pour l'ajustement

famille #nom du facteur population (15 caracteres au maximum)

0 #constante pour correction nbre d.l. d'erreur (donnees ajustees)

1 #entre le code correspondant a MATSUP (0, 1 ou 2)

0 #entre le code correspondant a DENDRO (0 ou 1)

1 #entre le code correspondant a EFFSUP (0 ou 1)

n #chainage CORAN (correl.de rangs), DUNCAN ou DAG : classt et comp.effets (o/n)

n #chainage d'INDEX1 : fam. & prov. ou INDEX6 : tests de desc. & clonal (o/n)

1 #coefficient de var.-covar. genetiques additives dans les composantes inter

n #chainage DISCRI : Analyse Discriminante, AFD (o/n)

n #chainage de COVAR1 : analyse de covariance multiple 1 facteur (o/n)

28 #limite superieure du code de population

4 #position du code de population dans enregistrement

4 #contrainte 1 : position

1 #contrainte 1 : lim. inf.

28 #contrainte 1 : lim. sup.

1 #contrainte 2 : position

-99999 #contrainte 2 : lim. inf.

99999 #contrainte 2 : lim. sup.

1 #contrainte 3 : position

-99999 #contrainte 3 : lim. inf.

99999 #contrainte 3 : lim. sup.

1 #contrainte 4 : position

-99999 #contrainte 4 : lim. inf.

99999 #contrainte 4 : lim. sup.
Fichier paramètre lis.don.004 (CRECAR)
n #Option rechantillonnage, JACKKNIFE ou BOOTSTRAP (o/n)

0 #elimination des enregistrements entierement a -5 ou -9 (0) ou maintien (1)

n #option VERSUP : suppression du controle des -5 & -9 (o/n)

1 #entrer le code approprie (0, 1, 2, 3, -1, -2, -3)

4 #position du code de population dans enregistrement

28 #valeur maximum du code de population

0 #nombre de contraintes sur les indicatifs

0 #nombre de contraintes sur les caracteres observes

residus #nom du fichier de sortie
Fichier paramètre lis.don.005 (COMPEX)
0 #ecriture dans sortie (0)

coord #nom du fichier donnant les coordonnees des individus-pivots

residus #nom du fichier de la population globale

n #option VARDIR : moyenne par rapport a direction du pivot (o/n)

0 #Entre le code de l'option TRIGENE (0, 1, 2, ou 3)

o #Entre le code de l'option REGPOND (o/n)

3.64 #espacement entre lignes (en unites d'abscisse)

100 #valeur max.de l'abscisse de 1er indiv. d'un enreg.

2 #position de l'abscisse de 1er individu d'un enreg.

12 #valeur maximum du numero de ligne

1 #position du numero de ligne

2 #nombre de JEUX a etudier

n #JEU# 1 option LISU : elimination voisins sur ligne indiv.-pivot ( o/n)

0 #JEU# 1 rayon min. sur la ligne autour de l'individu-pivot (unites d'absc.)

2 #JEU# 1 rayon max. sur la ligne autour de l'individu-pivot (unites d'absc.)

0 #JEU# 1 direction de bissectrice par rapport a base de la ligne (degres)

360 #JEU# 1 angle d'ouverture du secteur (degres)

1 #JEU# 1 coefficient d'aplatissement,t , de l'ellipse (1 -> cercle)

n #JEU# 2 option LISU : elimination voisins sur ligne indiv.-pivot ( o/n)

0 #JEU# 2 rayon min. sur la ligne autour de l'individu-pivot (unites d'absc.)

3 #JEU# 2 rayon max. sur la ligne autour de l'individu-pivot (unites d'absc.)

0 #JEU# 2 direction de bissectrice par rapport a base de la ligne (degres)

360 #JEU# 2 angle d'ouverture du secteur (degres)

1 #JEU# 2 coefficient d'aplatissement,t , de l'ellipse (1 -> cercle)

3 #Nombre de caracteres a utiliser /JEU

1 #Position/enregistrement du caractere numero 1

2 #Position/enregistrement du caractere numero 2

3 #Position/enregistrement du caractere numero 3
Fichier paramètre lis.don.006 (FUSION)
0 #ecriture dans sortie (0)

mal4d #nom du fichier receveur

vois001 #nom du fichier donneur

n #option RANCAR : tri sur caracteres fichier receveur (o/n)

n #option TRICAR : tri sur caracteres fichier donneur (o/n)

2 #fusion sur identite de sequence, d'un ou de deux indicatifs (0, 1 ou 2)

12 #valeur maximum du premier indicatif de fusion

1 #numero du premier indicatif de fusion/enregistrement receveur

1 #numero du premier indicatif de fusion/enregistrement donneur

100 #valeur maximum du second indicatif de fusion

2 #numero du second indicatif de fusion/enregistrement receveur

2 #numero du second indicatif de fusion/enregistrement donneur

o #Nouveau fichier donneur a fusionner (o/n)

vois002 #Nom du nouveau fichier a fusionner (o/n)

o #Memes choix de caract. et critere de fusion (o/n)

o #Nouveau fichier donneur a fusionner (o/n)

vois003 #Nom du nouveau fichier a fusionner (o/n)

o #Memes choix de caract. et critere de fusion (o/n)

n #Nouveau fichier donneur a fusionner (o/n)
Fichier paramètre lis.don.007 (ANTAR)
mal4d #nom du fichier

n #option HORACE (o/n)

1 #numero du premier individu traite/enregistrement

0 #numero du dernier individu traite/enregistrement (0 : nombre maximum)

1 #parametre de saut pour passer d'un individu au suivant

0 #(0) quantitatif, (1) qualitatif avec transf., (2) qualitatif sans transf

essai PAPA2 #donne l'en-tete du listing (pour identification)

-9 #donne le nombre de caracteres etudies

n #edition d'une table de correspondance numerique-alphanumerique (o/n)
Fichier paramètre lis.don.008 (DEFCAR)
x1

x2

x3

x4

x5

x6

x7

x8

x9

Fichier paramètre lis.don.009 (MATCOR)
n #Option reechantillonnage (JACKKNIFE ou BOOTSTRAP)

0 #constante pour correction nbre d.l. d'erreur (donnees ajustees)

1 #entre le code correspondant a MATSUP (0, 1 ou 2)

0 #entre le code correspondant a DENDRO (0 ou 1)

1 #entre le code correspondant a EFFSUP (0 ou 1)

n #option trivar : matrices intra sur plusieurs populations (o/n)

n #chainage d'INDEX5 : index de selection massale (o/n)

o #chainage de REGMUL : regression multiple descendante (o/n)

0 #Valeur de REGPOND : regression multiple ponderee (0-3)

1 #contrainte 1 : position

-99999 #contrainte 1 : lim. inf.

99999 #contrainte 1 : lim. sup.

1 #contrainte 2 : position

-99999 #contrainte 2 : lim.inf.

99999 #contrainte 2 : lim.sup.

1 #contrainte 3 : position

-99999 #contrainte 3 : lim.inf.

99999 #contrainte 3 : lim.sup.

1 #contrainte 4 : position

-99999 #contrainte 4 : lim.inf.

99999 #contrainte 4 : lim.sup.
Fichier paramètre lis.don.010 (REGMUL)
0 #entre le code correspondant a varsup (0, 1 ou 2)

1 #option graphique (0) ou valeur ajustee (1)

n #option REGOR : regression passant par l'origine (o/n)

3 #nombre de variables expliquees

6 #nombre de variables explicatives au premier palier

6 #nombre de variables explicatives au dernier palier

1 #numero de la variable expliquee 1

2 #numero de la variable expliquee 2

3 #numero de la variable expliquee 3

4 #numero de la variable explicative 1

5 #numero de la variable explicative 2

6 #numero de la variable explicative 3

7 #numero de la variable explicative 4

8 #numero de la variable explicative 5

9 #numero de la variable explicative 6

n #changement de jeu de variables ,expliquees & explicatives (o/n)
Fichier paramètre lis.don.011 (RIVES)
0 #(0) = REGMUL, (1) = COVAR1, (2) = COVAR2

o #option varsup : suppression des covariables (o/n)

1 #maintien/suppression des caracteres <>covariables (0/1)

o #option REDIR : redirection du fichier de sortie sur le fichier d'entree (o/n)

Ci-dessous sont donnés les enchaînements d’écrans corrrespondant au lancement de la procédure réitérée par le moteur de réitération JBSTAR.
Etape 1 : sélection du pas d’affichage des réitérations


Etape 2 : choix de « Papadakis ++ » comme type de réitération

Etape 3 : JBSTAR a identifié la procédure comme PAPA2 « strict». Il emet une « warning » conseillant de vérifier le fichier de données (mal4d) et demande le nombre de réitérations


Etape 4 : Le nombre de réitération est rentré et JBSTAR donne des indications à l’utilisateur pour lancer la procédure réitérée et récupérer les résultats.


Annexe 3-bis.
1   2   3   4   5   6   7   8   9   10

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